Ausgehend von Franz von Assisi (1181/82 – 1226) entstand im 13. Jahrhundert neben den Mönchsorden eine neue Art von Gemeinschaft, die sich besonders einem einfachen Lebensstil im Einklang mit Gott, den Menschen und der Natur verschrieb. Der Franziskanerorden breitete sich rasch aus und entwickelte sich zu einer Bewegung, die heute Ordensmänner (Franziskaner, Kapuziner, Minoriten), Ordensfrauen (Klarissen, Terziarschwestern) und auch Laien (Dritter Orden bzw. Franziskanische Gemeinschaft) auf der ganzen Welt umfasst.

Bereits zu Beginn des 17. Jahrhunderts kamen Franziskaner aus dem Kloster in Schwaz als Prediger und Seelsorger nach Hall. Auf Wunsch und mit Hilfe von Haller Bürgern wurde im Jahr 1644 der Grundstein für ein eigenes Franziskanerkloster gelegt. Daneben gab es von 1721 bis 1782 auch ein Klarissenkloster in Hall. Nach Aufhebung des Haller Jesuitenklosters wurde ab Herbst 1795 der Schulbetrieb am hiesigen Gymnasium von den Franziskanern weitergeführt. Unterbrochen wurde dies nur durch die Schließung der Schule während der bayrischen Herrschaft (1807-1809) und der Aufhebung des Franziskanergymnasiums durch die Nationalsozialisten, die es von 1938 bis 1945 als „Städtische Oberschule für Jungen“ führten. Im Jahre 1898 übersiedelte das Gymnasium vom Stiftsplatz an den heutigen Standort. Motor dieses Neubaues war der Haller Bürgermeister Dr. Theodor Kathrein, nach dem heute auch die Straße vor der Schule benannt ist. In den Jahre 2007 bis 2009 wurde das Gebäude neu renoviert und mit einem Zubau versehen, der der gestiegenen Schülerzahl Rechnung trägt. War früher alle Mitglieder des Lehrerkollegiums Franziskaner, so nahm der Anteil von weltlichen Pädagogen vor allem nach dem Zweiten Weltkrieg kontinuierlich zu. Neben ihrer Aufgabe als Träger der Schule stellen die Franziskaner heute noch drei Lehrer.

Im Jahre 1902 gründeten die Franziskaner das Internat "Leopoldinum", um für die von auswärts stammenden Schülern des Gymnasiums eine Unterkunft zu schaffen und für eigenen Ordensnachwuchs zu sorgen. In diesem Vollinternat arbeitet Franziskaner unentgeltlich als Erzieher, sowie Terziarschwestern in der Küche und im Haushalt. Nachdem die Schülerzahlen für den Vollinternatbetrieb nach einer Hochblüte in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts stetig zurückgingen, wurde das Leopoldinum in eine Heimstätte für verschiedene Horte und Berufschüler umgewandelt.

Das Leopoldinum und das Haller Franziskanerkloster sind Teil der Franziskanerprovinz Austria in Österreich und Südtirol, deren Patron der hl. Leopold ist.